Образовательное учреждение было открыто в 1983 году в соответствии с Постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР от 22.09.1977г. №870 «О мерах по дальнейшему улучшению народного здравоохранения» по согласованию с Министерством здравоохранения СССР, на основании приказа Министерства здравоохранения РСФСР от 30.11.1983г. №705 и приказа Министерства здравоохранения Башкирской АССР от 13.12.1983 г. №1098-Д «Об открытии училища повышения квалификации работников со средним медицинским и фармацевтическим образованием в г.Уфе». С 1988 года решением коллегии Министерства здравоохранения РСФСР Училище утверждено базовым для Уральского региона, а с 1993 года решением коллегии Министерства здравоохранения Российской Федерации на основании приказа Министерства здравоохранения Российской Федерации от 02.08.1993г. № 178 «Об утверждении базовых училищ повышения квалификации работников со средним медицинским и фармацевтическим образованием и региональных центров системы непрерывного обучения специалистов среднего медицинского и фармацевтического звена» – региональным Центром для Поволжского региона. В 2003 году Училищу был присвоен статус Государственного образовательного учреждения «Центр повышения квалификации – Училище повышения квалификации работников со средним медицинским и фармацевтическим образованием» (приказ Министерства здравоохранения Республики Башкортостан от 23.01.2003 года №22-Д). С 01 ноября 2010 года распоряжением Правительства Республики Башкортостан от 24 сентября 2010г. № 1040-р «О создании государственного автономного образовательного учреждения Центр повышения квалификации – Училище повышения квалификации работников со средним медицинским и фармацевтическим образованием» изменен тип существующего государственного учреждения. На основании распоряжения Правительства Республики Башкортостан от 07.04.2014 года №296-р учреждение переименовано в государственное автономное учреждение дополнительного профессионального образования Республики Башкортостан «Центр повышения квалификации». Функции и полномочия учредителя Учреждения от имени Республики Башкортостан осуществляет Министерство здравоохранения Республики Башкортостан.