Стратегическая цель Департамента - обеспечение экологической и экономической безопасности РФ, соблюдение рационального, непрерывного, неистощительного, экологически безопасного природопользования, сохранение всех компонентов окружающей среды от деградации и уничтожения. Главными задачами государственного контроля и надзора в сфере природопользования и охраны окружающей среды являются выявление, пресечение и профилактика правонарушений, связанных с незаконным и нерациональным использованием природных ресурсов, с негативным воздействием на окружающую среду при осуществлении всех видов природопользования, в том числе экологически опасных.

Государственная санитарно-эпидемиологическая служба в Республике Башкортостан обрела свою правовую базу как система государственных органов в 1922 году. Служба прошла большой славный путь, ее основой являлись противоэпидемические мероприятия по борьбе с инфекционными и паразитарными болезнями. С момента образования санэпидслужбы ее учреждения были представлены различными организациями, создаваемыми для решения приоритетных на тот период задач. Поэтому в разные годы в республике функционировали противомалярийные, противобруцеллезные, противотуляремийные станции, пастеровские, трахоматозные пункты и другие учреждения. Заслуги этой службы в системе республиканского здравоохранения несомненны и прежде всего, профилактического направления, в ликвидации таких заболеваний, как чума, холера, оспа, полиомиелит, тифы, малярия, трахома. Гигиеническое направление сформировалось в период индустриализации, когда в республике шли серьезные экономические преобразования, переселение людей из деревни в город, мощными темпами развивались индустрия, нефтедобыча, нефтехимия, нефтепереработка, машиностроение. Это требовало поиска новых решений по защите здоровья работающего человека. Практическая деятельность центра и его филиалов направлена на обеспечение контрольно-надзорной деятельности Управления Роспотребнадзора по Республике Башкортостан, путем проведения социально-гигиенического мониторинга, выполнения комплекса мероприятий по профилактике инфекционной заболеваемости, охраны территории от заноса и распространения особо опасных инфекций, проведения исследований, расследований, измерений, испытаний, санитарно-эпидемиологических экспертиз товаров, выполнения работ, оказания услуг, проведения профессиональной гигиенической подготовки декретированных контингентов населения.